부동산하루
한국 집 팔았다가 세금 '쾅'…억울함에 국세청 찾은 해외 선교사 [심사청구]
2026.07.24
잠실 김세빈 공인중개사무소
30년 가까이 중동과 유럽에서 선교 활동을 해온 여성 선교사가 국내 주택을 팔았다가 2억1400만 원의 양도소득세를 부과받았다. 처분청이 그를 비거주자로 판단해 1세대 1주택 비과세를 적용하지 않은 것이다.
그러나 국세청 심사위원회(심사-양도-2026-0017)는 올해 4월 이를 뒤집었다. "해외에 있는 시간이 길다고 거주자가 아닌 것은 아니다"라는 판단이었다.
◆ 1994년부터 30년, 우즈베키스탄·터키·이집트·조지아 누빈 선교사
청구인은 1993년 신학 연수를 마치고 이듬해인 1994년 1월 대한예수교장로회 소속 B교회로부터 파송 명령을 받아 해외 선교사로 나섰다. 우즈베키스탄을 시작으로 카자흐스탄, 터키, 이집트, 조지아 등 다양한 나라를 옮겨 다니며 현재까지 선교 활동을 이어오고 있다. 특정 나라에 정착한 것이 아니라 교회가 필요로 하는 곳으로 1~2년씩 파견되는 방식이었다.
청구인은 미혼이며 외국 국적이나 영주권을 취득한 사실이 없다. 가족 전원은 국내에 거주하고 있다. 2006년 5월 부모를 봉양하기 위해 영등포구 소재 다세대 주택을 취득했고, 부모가 차례로 사망한 뒤인 2023년 2월 이 주택을 9억 원에 양도했다. 취득가 약 2억5200만 원에 비추어 차익이 상당했지만, 1세대 1주택 비과세 대상이라고 보아 양도소득세를 신고하지 않았다.
처분청은 국내 체류일수, 소득, 재산 유무 등을 검토한 뒤 청구인이 비거주자에 해당한다고 판단했다. 실제로 청구인의 연간 국내 체류일수는 대부분 183일 미만이었고, 아예 국내에 들어오지 않은 해도 여럿이었다. 이를 근거로 처분청은 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 없다며 양도소득세 2억1477만 원을 결정·고지했다.
◆ "183일 요건, 선교사에게 그대로 적용하면 모순"
청구인 측의 반박은 날카로웠다. 핵심은 체류일수만으로 거주자 여부를 판단해서는 안 된다는 것이었다.
소득세법상 거주자란 국내에 주소를 두거나 183일 이상의 거소를 둔 개인이다. 그러나 주소 판정은 체류일수가 아니라 국내에서 생계를 같이하는 가족 및 국내에 소재하는 자산의 유무 등 생활관계의 객관적 사실에 따라 판정한다고 소득세법 시행령이 규정하고 있다.
청구인 측은 또 국세청이 해외 선교사에게도 근로장려금을 지급하고 있다는 점을 집어냈다. 근로장려금은 거주자에게만 지급되는 것인데, 국내 부동산 매매 때는 비거주자로 보겠다는 처분청의 태도가 모순이라는 지적이었다.
사실관계에서 제시한 근거도 구체적이었다.
청구인은 해외에서 경제활동을 하거나 해외 자산을 취득한 사실이 전혀 없다. 국내 파송단체와 교인들의 후원금으로 선교활동을 영위했고, 9억 원의 양도대금도 전액 국내에 보유 중이다. 예금 2억5300만 원과 동생에게 대여한 4억 원 형태로 국내에 남아 있으며, 대여금 이자도 매달 청구인의 국내 계좌로 입금되고 있다.
선교사역이 종료되면 국내 은퇴 선교사 숙소에서 생활할 계획이며, 실제로 심사청구 후 서울 소재 민간임대 아파트 임대차계약(2028년 입주 예정)까지 체결해 제출했다. B교회는 청구인의 파견 기간 내내 국민연금을 납부했고, 청구인은 2019년 3월부터 노령연금을 수령하고 있다.
◆ "이해관계 중심지는 국내"…처분청도 반박했지만
처분청은 청구인을 B교회의 임직원으로 볼 수 없다고 맞섰다. 급여가 아닌 후원금으로 활동하는 신자이므로 해외현지법인 등에 파견된 임직원에 준하는 거주자로 볼 수 없다는 논리였다. 양도 시점에 부모가 이미 사망했으므로 국내에 생계를 같이하는 가족도 없고, 대체 주택도 취득하지 않아 국내 거주지가 불명확해졌다는 점도 지적했다.
그러나 심사위원회의 판단은 달랐다.
거주자 해당 여부는 주민등록 등 공부상 기재가 아니라 국내에서 생계를 같이하는 가족과 국내 소재 자산의 유무 등 생활관계의 객관적 사실로 판정해야 한다는 대법원 판결(2021두48298)을 기준으로 삼았다. 그리고 이를 토대로 네 가지 사안을 종합했다.
첫째, 청구인은 1994년부터 해외 선교사로 활동했지만 해외에 생활 기반이 되는 소득이 없고, 국내 교회와 후원자들의 자금으로 선교활동을 영위했다. 선교활동이 끝나면 국내로 입국해 쟁점주택에서 부모와 거주한 사실도 확인됐다. 선교사역을 마친 후 국내에서 노후를 보낼 것으로 보인다.
둘째, 청구인은 부친과 함께 쟁점주택을 취득했고, 양도 후 발생한 양도대금을 해외로 반출하지 않고 전액 국내에 보유하고 있다.
셋째, 청구인의 유일한 가족인 동생들이 모두 국내에 있고, 국내 교인들과 종교 활동으로 꾸준히 소통해왔다.
넷째, 이 모든 사정을 종합하면 이해관계의 중심지가 국내에 있는 것으로 보인다.
심사위원회는 이를 근거로 "처분청이 청구인을 비거주자로 보아 한 양도소득세 고지 처분은 잘못이 있다"고 결론 내리고 심사청구를 인용했다.
그러나 국세청 심사위원회(심사-양도-2026-0017)는 올해 4월 이를 뒤집었다. "해외에 있는 시간이 길다고 거주자가 아닌 것은 아니다"라는 판단이었다.
◆ 1994년부터 30년, 우즈베키스탄·터키·이집트·조지아 누빈 선교사
청구인은 1993년 신학 연수를 마치고 이듬해인 1994년 1월 대한예수교장로회 소속 B교회로부터 파송 명령을 받아 해외 선교사로 나섰다. 우즈베키스탄을 시작으로 카자흐스탄, 터키, 이집트, 조지아 등 다양한 나라를 옮겨 다니며 현재까지 선교 활동을 이어오고 있다. 특정 나라에 정착한 것이 아니라 교회가 필요로 하는 곳으로 1~2년씩 파견되는 방식이었다.
청구인은 미혼이며 외국 국적이나 영주권을 취득한 사실이 없다. 가족 전원은 국내에 거주하고 있다. 2006년 5월 부모를 봉양하기 위해 영등포구 소재 다세대 주택을 취득했고, 부모가 차례로 사망한 뒤인 2023년 2월 이 주택을 9억 원에 양도했다. 취득가 약 2억5200만 원에 비추어 차익이 상당했지만, 1세대 1주택 비과세 대상이라고 보아 양도소득세를 신고하지 않았다.
처분청은 국내 체류일수, 소득, 재산 유무 등을 검토한 뒤 청구인이 비거주자에 해당한다고 판단했다. 실제로 청구인의 연간 국내 체류일수는 대부분 183일 미만이었고, 아예 국내에 들어오지 않은 해도 여럿이었다. 이를 근거로 처분청은 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 없다며 양도소득세 2억1477만 원을 결정·고지했다.
◆ "183일 요건, 선교사에게 그대로 적용하면 모순"
청구인 측의 반박은 날카로웠다. 핵심은 체류일수만으로 거주자 여부를 판단해서는 안 된다는 것이었다.
소득세법상 거주자란 국내에 주소를 두거나 183일 이상의 거소를 둔 개인이다. 그러나 주소 판정은 체류일수가 아니라 국내에서 생계를 같이하는 가족 및 국내에 소재하는 자산의 유무 등 생활관계의 객관적 사실에 따라 판정한다고 소득세법 시행령이 규정하고 있다.
청구인 측은 또 국세청이 해외 선교사에게도 근로장려금을 지급하고 있다는 점을 집어냈다. 근로장려금은 거주자에게만 지급되는 것인데, 국내 부동산 매매 때는 비거주자로 보겠다는 처분청의 태도가 모순이라는 지적이었다.
사실관계에서 제시한 근거도 구체적이었다.
청구인은 해외에서 경제활동을 하거나 해외 자산을 취득한 사실이 전혀 없다. 국내 파송단체와 교인들의 후원금으로 선교활동을 영위했고, 9억 원의 양도대금도 전액 국내에 보유 중이다. 예금 2억5300만 원과 동생에게 대여한 4억 원 형태로 국내에 남아 있으며, 대여금 이자도 매달 청구인의 국내 계좌로 입금되고 있다.
선교사역이 종료되면 국내 은퇴 선교사 숙소에서 생활할 계획이며, 실제로 심사청구 후 서울 소재 민간임대 아파트 임대차계약(2028년 입주 예정)까지 체결해 제출했다. B교회는 청구인의 파견 기간 내내 국민연금을 납부했고, 청구인은 2019년 3월부터 노령연금을 수령하고 있다.
◆ "이해관계 중심지는 국내"…처분청도 반박했지만
처분청은 청구인을 B교회의 임직원으로 볼 수 없다고 맞섰다. 급여가 아닌 후원금으로 활동하는 신자이므로 해외현지법인 등에 파견된 임직원에 준하는 거주자로 볼 수 없다는 논리였다. 양도 시점에 부모가 이미 사망했으므로 국내에 생계를 같이하는 가족도 없고, 대체 주택도 취득하지 않아 국내 거주지가 불명확해졌다는 점도 지적했다.
그러나 심사위원회의 판단은 달랐다.
거주자 해당 여부는 주민등록 등 공부상 기재가 아니라 국내에서 생계를 같이하는 가족과 국내 소재 자산의 유무 등 생활관계의 객관적 사실로 판정해야 한다는 대법원 판결(2021두48298)을 기준으로 삼았다. 그리고 이를 토대로 네 가지 사안을 종합했다.
첫째, 청구인은 1994년부터 해외 선교사로 활동했지만 해외에 생활 기반이 되는 소득이 없고, 국내 교회와 후원자들의 자금으로 선교활동을 영위했다. 선교활동이 끝나면 국내로 입국해 쟁점주택에서 부모와 거주한 사실도 확인됐다. 선교사역을 마친 후 국내에서 노후를 보낼 것으로 보인다.
둘째, 청구인은 부친과 함께 쟁점주택을 취득했고, 양도 후 발생한 양도대금을 해외로 반출하지 않고 전액 국내에 보유하고 있다.
셋째, 청구인의 유일한 가족인 동생들이 모두 국내에 있고, 국내 교인들과 종교 활동으로 꾸준히 소통해왔다.
넷째, 이 모든 사정을 종합하면 이해관계의 중심지가 국내에 있는 것으로 보인다.
심사위원회는 이를 근거로 "처분청이 청구인을 비거주자로 보아 한 양도소득세 고지 처분은 잘못이 있다"고 결론 내리고 심사청구를 인용했다.